Julie Bowen mắc chứng nhịp tim chậm: nhịp tim của cô thấp hơn người bình thường. Do vậy, cô phải đeo một máy tạo nhịp khi mới 20 tuổi.[6]

Julie Bowen kết hôn với Scott Phillips, một nhà đầu tư bất động sản và phát triển phần mềm, vào ngày 9 tháng 9 năm 2004. Họ có ba con trai, con đầu lòng sinh vào tháng 4 năm 2007 và cặp song sinh sinh vào tháng 5 năm 2009, cô mang thai cặp song sinh khi đang quay tập thử nghiệm cho Gia đình hiện đại.[7] Cô tự mô tả mình là "người theo đạo Tin lành." [8] Vào tháng 2 năm 2018, cô đã đệ đơn ly hôn với Phillips.[9] Thủ tục được hoàn thành vào ngày 13 tháng 9 năm 2018.[10]

Vào năm 2016, Julie Bowen xuất hiện trong "Fight Song", một video âm nhạc lấy cảm hứng từ bộ phim Pitch Perfect được trình chiếu tại Hội nghị Quốc gia của đảng Dân chủ để ủng hộ ứng cử viên Hillary Clinton.[11]